Chociaż zarówno izopropanol, jak i etanol, izopropanol składają się z węgla, wodoru i tlenu, ich struktury molekularne różnią się. Izopropanol ma wzór cząsteczkowy CH3CH2CH2OH, co czyni go nasyconym trój-węglowym związkiem organicznym, natomiast etanol izopropanol ma wzór cząsteczkowy (CH3)2CHOH, co czyni go związkiem organicznym zawierającym jeden chiralny atom węgla.
Temperatura wrzenia jest różna: izopropanol wrze w temperaturze 97,2 stopnia, a etanol – izopropanol wrze w temperaturze 82,4 stopnia. W temperaturze pokojowej izopropanol jest bezbarwną, przezroczystą cieczą, natomiast etanol jest bladożółtą cieczą.
Rozpuszczalność jest różna: ze względu na różne struktury molekularne izopropanol i etanol są różnie rozpuszczalne. Izopropanol ma rozpuszczalność 10,6% (objętościowo) w wodzie, podczas gdy izopropanol etanolu ma wyższą rozpuszczalność, osiągając 50% (objętościowo).
Kwasowość/równowaga: zarówno izopropanol, jak i etanol to alkohole charakteryzujące się umiarkowaną kwasowością i zdolne do ulegania reakcjom katalizowanym zasadą-.
